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研究采用直接测序法，分析日本沼虾（Macrobrachium nipponense）rDNA基因内转录间隔区ITS1的DNA序列，以筛选日本沼虾SNPs位点。共分析了32个太湖水域野生日本沼虾样本，结果表明，日本沼虾ITS1序列平均长度为1749．8bp，是迄今已报道的最长的ITS1序列，A、G、T和C的平均含量分别为29．9％、28．3％、27．7％、14．0％，G＋C的含量平均为42．3％。通过序列比对，共筛选出22个SNPs位点，SNPs位点出现频率为0．0126，其中9个为C／T转换（占40．91