以20世纪60年代的四大公害诉讼为契机,日本在法学理论和司法实务中针对公害健康损害因果关系的认定发展出了不同于传统侵权诉讼的因果关系推定规则,具体包括盖然性法、间接反证法、流行病学法等推定方法。我国则自20世纪90年代开始,通过特殊的因果关系举证责任分配规则实现保护受害人的政策目标。但是在理论研究和司法实务中,对这种特殊的举证责任分配规则的理解存在分歧,其争议焦点在于受害人是否对因果关系事实承担一定的举证责任。通过对中日的比较,可以发现日本的做法更为谨慎,其在坚守科学证明的前提下兼顾受害人保护的价值追求;而我国则更注重于受害人保护这一政策目标的实现,而忽视了证明的最终目标是寻求事实真相。我国应当在坚持现有举证责任规则的基础上,在审判实务中探索适用因果关系推定方法,实现政策考量与法律逻辑的相对平衡。