目的通过基因芯片和生物信息学来筛选复发鼻咽癌（recurrent nasopharyngeal carcinoma，rNPC）差异基因及染色体定位和功能分析。方法选择初发鼻咽癌（primary nasopharyngeal carcinonla，pNPC）和rNPC，应用Affymetrix Genel.0ST芯片筛选差异基因；应用生物信息学对差异基因进行染色体定位和功能分析。结果差异基因共44个，其中下调基因36个，上调基因8个。基因功能分类显示，下调基因大部分属于酶活性基因（10个，27.8%），其次为钙黏合基因（7个，19.4%）、蛋白结合基因（5个，13.9%），这3类基因占了下调基因总数的61.1%，另外，受体活性基因（4个，11.1%），转录因子基因和三磷酸腺苷黏合基因各2个（各占5.6%），细胞外基质黏合基因和生长因子黏合基因各1个（各占2.8%），4个基因的功能未知（11.1%）；上调基因中，3个基因的功能未知（37.5%），酶活性基因（2个，25.O%），受体活性、钙黏合、电压门压通道调控基因各1个，各占12.5%。这些差异基因分布在大多数染色体上，主要分布在1和17号染色体上。1号染色体上包含10个基因（22.7%），17号染色体包含5个基因（11.3%）。结论差异基因分布在大多数染色体上，但主要分布在1和17号染色体上，酶活性、钙黏合及蛋白结合基因这三类差异基因可能在rNPC中扮演着重要的角色，需要进一步深入研究。