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在国防科委、空军的组织领导下，从1961年1月到6月，六院进行了紧锣密鼓的筹建工作。1月，兼任国防科委主任的聂荣臻元帅亲自点将由唐延杰牵头组建六院，后周总理任命其为院长。唐院长是1955年被授予军衔的中将，来六院前曾任高等军事学院教育长。这年的初夏，六院政治部主任吕鸿、副主任曾昭敏亲赴广东汕头守备22师，看望和迎接即将北上的、以该师为六院建院行政骨架的司、政、后机关全体官兵。这批人员200多名分两批于6月10日和15日先后到达北京西颐宾馆集结报到后，全国各地、各军事单位、军事院校调六院工作的干部也相继到达这里。
建院选址颇费周折
六院成立后，院址选在哪，建在哪？是院领导心里急切解决的头等大事。唐院长为了节省开支和尽快开展工作，将总部从西颐宾馆搬出，陆续迁到天津市市郊东局子198师营房暂住。工作立刻开展起来，军务处开始招收各类服务人员；管理处组成采购生活办公用品的工作组，并参加天津市召开的越冬煤、冬季大白菜的分配、储运与各种专卖商品分配等会议；刚刚参军由各大专院校分配到六院工作的一千零几十名应届毕业生的训练工作也在天津交通饭店紧张进行。但是天津驻地，对于容纳一个兵团级的工作机关显然过于局促，另外对于加强与军委总部和下属研究所的联系也不是十分理想。这年9月，院务部部长余启龙带着工作人员南下成都，拿着聂荣臻副总理给四川省委书记李井泉的亲笔信，与四川省委商谈六院在四川落户的可行性。此行得到的结论是否定的，不久余部长即回京复命。
1962年春节过后，院领导考虑到六院机关工作上的方便，决定将总部机关搬迁到下属第六研究所（即航空材料研究所，简称“六所”）附近的北京西郊冷泉北京市第六工业学校，并由六所腾出就近的第二食堂给六院作机关食堂。而院领导由于办公地点有限，仍处于分散状态。
1962年国庆节前，军委办公会议决定，将沈阳市塔湾炮兵侦察学校和小河沿炮兵政治学校移交六院，作为飞机设计研究所（第一研究所简称一所）和航空发动机研究所（第二研究所简称二所）的所址；
将洛阳市西宫炮兵学校移交六院，作为航空附件设计研究所（第三研究所）和航空兵器设计研究所（第五研究所）的所址；将北京市北苑炮兵第二研究所（炮二所）所址划分一半给六院作为院址。六院总部最终在院领导和院务部陈伯先副部长组成的工作组与炮二所的协商和现场勘察下达成协议，完成交接工作，六院选址尘埃落定，把工作地点确立在了北苑。
为了使六院总部机关和航空情报研究所（即第四研究所）尽早搬进北苑，虽已近初冬，院务部迅速制订院址整修改造计划。改造任务比较艰巨，首先把南北两栋办公楼进行装修，将两座大食堂整修开伙，把20多栋教学办公室和平房改造成家属宿舍。施工人手一时紧张，院务部请六所给予帮助支持。他们派出土建、水暖、电气配套的工程技术人员和高级技工来规划设计并组织施工，聘请当地大屯乡和洼里乡农民施工队负责改造工程，炮二所管理处给予了积极配合，1963年新春伊始便大兴土木拉开改造序幕。与此同时，六院组成基建部，在他们的组织下，由北京市一建和华北六建承担了在大院保密圈内盖宿舍楼和服务设施的工程。他们仿照高等军事学院将军楼的模式和面积建起两栋高干楼、两栋军官宿舍楼、一栋单身宿舍楼兼招待所、一栋浴室，并扩建了锅炉房和车库，将西门到原办公楼的道路拓宽加铺成沥青混凝土新路。工程延续到1964年全部竣工，而院办公楼、四所办公区和宿舍区的整修改造，在1963年8月就圆满完成搬迁，使六院各项工作顺利展开。
到了1964年，根据国家计委和总参谋部的决定，六院又陆续接收了上海5个小厂、北京教学仪器厂、青岛北海舰队卫校和安徽合肥市董铺宾馆，再加上六院原来组建的11个研究所，至此，六院已经基本形成一个较为完整的上万人的大型航空科学研究机构。
能把逆向研发做好也是本事
六院初建阶段的科研工作，是以摸透米格-21飞机为中心，兼顾歼6飞机的优质过关来展开的，以便逐步走出一条从摸透、仿制、改进改型到自行研制的发展道路。但是就在建院的这一年8月，周总理在北戴河会议上根据国家“调整、巩固、充实、提高”的方针，对国防工业提出了要以“调整”为中心做好调整，要缩小规模，放慢步子，“确保尖端、维持常规”的要求。六院临时党委对此进行了研究，压缩和调整了1962年的基建计划，从原申请的4100万压缩到948万，最后国防科委批准的投资只有200万。面对困难，六院采取“边研究，边建设”的方针，把工作重心放在集中全力摸透米格-21上。他们把工作大体分为三个阶段：翻译、复制、学习、消化图纸资料，参加散装件装配，找出在仿制中可能出现的关键技术问题；围绕关键技术问题进行理论计算和试验研究，摸清其设计思想和设计方法，找出解决问题的办法；带着前两阶段的成果到工厂参加仿制，协助工厂解决仿制中的关键技术问题，通过实践对技术融会贯通，为改进改型和自行设计做好准备。
一所根据院里的部署，在飞机方面拿出70%的主要技术力量投入摸透和仿制工作，并于1963年一季度将飞机图纸资料全部移交工厂。五所在仿制K-13空空导弹方面，与五机部844厂密切合作，保证了工作按节点完成。经过两年摸透工作，院里在1963年夏召开了摸透米格-21经验交流会，根据各所提供的飞机、发动机、机载、材料、工艺和空空导弹方面的技术报告，整理出了《摸透米格-21经验汇编》。技术人员对米格-21的性能和使用特点有了全面了解，为进一步进行专题研究和改进改型打下了基础。
在完成第一和第二阶段摸透工作的基础上，六院同意一所二所从1964年开始搞自行设计的方案，并决定先从改进改型开始。一所副所长叶正大做了米格-21飞机7项小改，以提高飞机使用性能的报告；二所经过反复论证，从20多个方案中择优选出单发910涡喷发动机方案。一所总设计师黄志千为了保障飞机方案的成功，还大胆提出了米格-21的双发方案。二所为了提高飞机性能，提出了采用高温涡轮技术提高发动机推力的意见；六所材料专家荣科当即响应，表示在一年内研制出这一代表世界前沿的高温涡轮。这些自行设计刚开始就出现的科研攻关气势，进一步支持了歼8的早日上马。 除了将米格-21摸透，空军在对敌作战中也曾打下过美蒋一些战机，开展敌机残骸分析工作，给设计人员开阔思路、突破苏联框框，带来了有益帮助。在江西打下的P-2V低空电子侦察机和在福建前线打下的RF-101歼击侦察机，以及在天津等地区打下的两架U-2高空侦察机均由六院会同使用和生产部门进行了残骸分析工作。而后还在院里的几个食堂厅办过美机残骸内部展览，米德·艾军系负责人，还曾来北苑作过参观、指导。
建院初期，如何加强科研管理是个薄弱环节，机关很不健全，又缺乏经验。唐院长很重视这一基础性建设。根据几个老所和中国科学院研究所的管理经验，他们组织专门班子制订科研管理条例和各项规章。
在落实党的知识分子政策上，六院党委坚决贯彻了党中央下达的《科研十四条》，对在历次政治运动中由于受批斗被伤害的知识分子进行“摘帽子、解疙瘩”的工作，其中绝大部分都在政治上予以平反，都参军、授衔、定级。
在科研保障上，明确规定科技人员从事技术工作时间每周不少于5天，政治学习不得超过1天。为了保证这一措施的落实，院里规定，占用科研时间要由所党委把关，研究室上午一律不开会，机关上午不准向研究室打电话、找人，研究室不得接待外来人员。
在与生产的关系上，基于生产部门当时已将科研机构集中于六院，自己只有少部分科技力量保证批生产，工厂出现任务繁重而缺少技术骨干的困难局面。六院除完成科技攻关，还把保证歼6优质过关列为自己的重要任务，固定一定比例的技术力量协助生产部门解决技术关键，还采取由航空工业局、六院统一下达计划和召开联席会议的形式，解决科研生产结合的问题。
六院领导班子配备得也很好。首届班子中，除院长唐延杰外，政委王振乾是罗荣桓亲自向聂荣臻推荐到六院来的。罗荣桓主管全军干部工作，他对聂荣臻说：“办好航空研究院，需要有知识分子干部做领导，我向你推荐一个人，名曰王振乾，1935年参加“一二·九”运动的清华学生。后来到部队，从山东、东北一直打到广东，现任55军政委。”聂荣臻甚喜，将其于1961年调任六院政委，成为唐延杰的黄金搭档。常务副院长曹丹辉是我党我军第一代无线电报务员，新中国电信事业的主要创建人，调任六院前也在高等军事学院就职。他协助唐延杰主持全院的科研试制、物资保障和行政后勤工作，在四年多的工作实践中迅速由外行变成内行，不仅组织领导了米格-21的技术摸透、涡扇5发动机的研制，还主持了歼8飞机的前期试制工作，为航空科研的开创建立了卓越功勋。副院长、少将徐立行原是哈军工教育长，我军少有的科研教育之花。
作为军队建制的六院，到1965年初，根据党中央关于实行科研与生产相结合的决定，与三机部合并，实际仅存在四年。在这四年时间里，六院的工作迅速走向正轨，取得比较显著的成绩，初步打下了科研基础，对飞机的科研已从摸透、仿制开始进入自行设计，对促进我国航空工业的独立发展起到了积极作用。部院合并后，六院全体人员集体转业到地方，脱下军装。唐延杰院长任了短期三机部副部长，后调任国防科委副主任，政委王振乾调任三机部副部长，曹丹辉协助继任院长刘鼎继续担任六院常务副院长，直至1977年谢世。徐立行继任三机部六院副院长，直至六院解体。
分分合合的“部”与“院”
成立六院的初衷是集中使用航空科研力量，但从航空工业生产部门看，把科研设计工作从航空生产中分离出去，不仅是科研隶属关系的变更，更重要的是使科研与生产本应密切结合的工作相互分离。在实际工作中，生产部门缺乏产品开发能力，发展遇到很大困难，因此要求调整体制，收回研究所的呼声十分强烈。
1962年7月，时任国防工委副主任、三机部部长的孙志远正式向中央书记处和中央军委打报告，提出调整国防工业体制的意见，要求实施部院合并的新体制方案。由于认识一时难以统一，又搁置了两年。1964年9月，总参谋长罗瑞卿再次就科研与生产关系问题召开会议进行讨论。1964年11月9日，国防工办召开会议传达军委办公会议决定：成立七机部和六、七、十院分别与三、六、四机部合并。据此，六院与三机部自1965年1月1日起实行合并。1965年9月部院合并不久，三机部又提出部的直属大厂与院的相关研究所的进一步合并。
部院虽然合并了，但还没有来得及深入解决一系列重要的认识问题和实际问题，就迎来了“文化大革命”的巨大冲击，四年分离时存在的对科研与生产作用的认识差异，两者工作性质、工作方法和工作习惯的不同，不同上级领导机关对科研与生产政策的差别，以及军队系统与政府系统人员生活待遇的差距等等矛盾，都在“文革”中激化起来，以致形成科研体制和人心的新的动荡。
主管国防科研工作的聂荣臻一开始就不赞成部院合并的做法。他认为，当时国防工业部门生产的武器装备都比较落后，而且大多是仿制苏联的产品，我们应该适当集中科研力量，在仿制消化技术中自行研制所需要的武器装备；同时像飞机、导弹、原子弹这样的国防战略武器，每一项都是一个庞大的系统工程，由国防科委统管有利于大协作和早出成果；再者，工业部门生产任务压身，完成生产首当其冲，让生产部门管科研，实践中容易忽视或削弱对新型武器装备的研制。
1967年，聂荣臻根据部院合并的混乱情况向中央报送了国防科研体制调整改组的方案。拟将中央批准接管的国防科研单位调整为十八个研究院，计划把它们正式转为军队系统，由国防科委领导。这个方案得到毛泽东的批准，但事后得到江青等的干扰破坏，并未实行。1969年，国防科委把六院23个研究所、六个试制工厂划归空军领导。
“9·13”事件发生后，中央开始关注航空科研问题，对其进行了系统梳理。受周恩来总理委托，中央军委副主席叶剑英主持召开航空汇报会，确立了“部院结合、厂所挂钩”的科研体制整顿原则。为有利于部院结合、厂所挂钩，中央军委批准，将空军领导的六院划归第三机械工业部领导改称三机部第六研究院。三机部副部长段子俊被任命为六院院长兼党委书记。 这次体制调整，解决了生产部门一定要有自己的技术发展部门、自己的武器研究能力这个多年没有解决的问题，同时，把产品型号发展任务放到了部的有关生产局，使研究院的精力集中到了预先研究上，加强了对航空预研工作的组织领导。
但在“厂所挂钩”上出现了曲折。为了更好地贯彻生产与科研的结合，1975年按照410厂和606所结合试点的经验，部里开始实行把原属航空工业实体的院属主机所划归工厂建制，工厂党委对研究所的各项工作实行统一领导。这样做的结果忽视了科研工作独立性的客观规律，给科研工作带来了影响。1977年，606所的同志向叶剑英同志写信，反映厂所结合中“分散科研力量，拖长研制周期，科研物资和资金得不到保障”的问题，建议保存两个实体，充实研究所试制力量，研究合理的科研体制。六院的机构和职权也经过几次改变，先将六院科技部改为飞机部和发动机部，后又改为新机研制部，将其合并到部的飞机局、发动机局、辅机局等各个生产局，将主管新机研制的科研管理人员调往部的有关司局。直到1977年，吕东调任三机部部长、党组书记，出于考虑六院开始解体的情况，对六院任务作出重大调整。决定把原由六院负责的新机型号研制和改进改型工作交由部有关司局管理，六院的任务调整为负责航空科技的基础研究、应用研究、预先研究，为发展性能优良、技术先进的飞机提供科学研究成果。吕东还决定，在经费分配上每年科研经费总额的30%必须用于预先研究。这次调整，基本理顺了部、院机关对航空科研发展工作的管理分工关系。
这时的六院院长由三机部副部长徐昌裕兼任，1980年刘鸿志任党委书记。为了搞好预先研究工作，六院精心编制了《1978？1985年航空科学技术发展规划纲要》。十年“文革”动乱，国际上航空技术发展突飞猛进，中国由于把精力耗费于政治运动，航空科学技术拉大了与世界先进水平的差距，技术储备少，型号研制进展缓慢。随着《纲要》安排的8个关键研究项目和10个专业的199个重大研究课题的陆续铺开，以第四代歼击机为奋斗目标的预研工作，为航空科研的未来展现了良好前景。
六院的“背影”带来的思考
1982年初，中央国家机关进行机构改革，部署大力压缩和精简机构。负责国防工业系统机构改革的国防工办副主任邹家华在部署机构改革中对国防研究院的撤留提出了原则意见，认为“总的是不笼统取消研究院机关”，“研究院在部党组领导下工作，部院机构上确有重复的可合并或简化之”，应“充分利用院机关这个组织，使之成为部的职能机构，又是科研的事业单位……”这时候吕东已另有任用上调，主管航空工业的部领导认为，科研和生产要“统一”起来，六院机关和部机关的有关部门合并，各研究所划归部对口局管理，不要设置“重复机构”。在协调科研和生产的管理体制问题上，认为科研和生产要“一条龙”，生产是“龙头”，应该由生产部门牵头。根据三机部的这些意见，国务院作出了“六院是重复机构”的判断，决定予以撤销。1982年6月7日，部党组发出通知：根据国务院领导人的指示，部党组研究决定撤销六院。
从六院成立到“部院合并”到“部院结合”再到“撤销六院”，中国航空科研道路经历了近22年的体制探索历程。回头看，科研体制反反复复变动的症结不在于科研和生产如何结合的问题，如果站在用加快发展科研来带动整个航空工业高速发展这个战略制高点上来认识和分析问题，答案是明显的。我们与发达国家在航空工业水平上的差距，实质上还是航空科研落后造成的。当年三机部要求变动六院体制，一个很重要的理由是因为三机部一部分技术力量集中到了六院，工厂在生产上缺乏产品开发能力。但是“部院合并”将近17年，航空工业水平发展不快仍旧是个不容忽视的事实。只有站在科研先行的高度去研究科研体制，站在怎样才能缩小我国与世界先进水平的差距上来解决科研与生产的矛盾，才能从纷乱复杂的麻团中理出清晰的思路。
科研和生产内在规律不同，不能搞硬性的、机械的科研生产结合，一定要具体问题具体分析。建国初期我们国家贫穷落后，如何发展科学技术事业还没提升到兴国、强国的高度去研究探索。前期，我们一切都学苏联老大哥，他们毕竟先走了几十年，有成功经验，对我们有过很多重要的援助。中苏关系破裂后，中央意识到独立发展科技力量的重要，决心建立自己的国防科研体系，成立了六院、七院、十院。但在建院不久，工业部门就提出异议，面临体制的第一次变动。主管部门没有从战略高度去深入探讨这个影响深远的问题，把体制变动作为一件具体工作交中央决策。中央依据主管部门的意见，也没有深入考虑体制变动可能出现的不利结果，作出了过急过于轻率的决策。当时担任六机部副部长兼七院院长、后来的中央军委副主席刘华清，在他的回忆录中就说，“坦率讲，对当时的‘部院合并’，我认为是一次决策失误”，“用现在的眼光看，如果当时研究院能稳定几年，有些院不实行‘厂所合并’，而发展成科研-生产联合体，会更有后劲，更有竞争力，更有利于赶超世界先进水平……”给科研更多的独立发展空间，以科研来牵引、带动生产，当科研实力羽翼丰满，再寻求科研生产一体化之路，这不仅是航空科研的经验之谈，更是航空工业发展的必由之路。
纵观西方各个航空大国和俄罗斯的航空发展道路，他们的航空科研管理都有共同的特点，设有规模大、力量集中的航空科研中心；航空科研基本上归于国防科研管理范畴；航空科研机构与工业界脱钩，不在同一系统管理；航空科研机构各有侧重，形成系统。尤其值得提出的是，他们国家航空科研力量如此强大源于体制稳定不轻易变动，要变只是变得更好，而中国航空科研体制的多变与法律不健全密切相关。六院建院初期之所以成果频出，工作效率高，是因为中央军委、国防科委对六院的建院方针、任务、组织体系都有明确指示，当时虽然没有以法律形式颁布，但都是军队建制，组织纪律非常严格，按命令执行。但部院合并实行新体制后，归地方管了，问题也随之多了起来。在科研与生产、科研与型号、科研投入与批生产、型号研制的程序、生产部门与使用部门的关系等问题上出现了种种矛盾，缺乏必要的法规或规章制度规范、监督、制约、协调，主要靠领导人的水平、能力来处理和拿捏，这是体制反复多变，常翻烧饼的重要原因。
1982年六院撤消了，1988年又恢复了航空科学研究院，到了1993年又取消了。2008年中航一集团和二集团合并，为了集中管理科研机构，又分别成立了经济研究院和基础研究院。但是这仍然没有改变航空科研力量的分散状态，因为中航工业实行现代企业的母子公司化管理，各主机研究所分属于各专业化的子公司，两个研究院也是不同子公司的专业化集合。整个航空科研是个完整的组织体系，航空科研的管理是个系统工程，只有到了能把方方面面技术分工和技术组织集中在一起，达到高度协调和融合，才能显示出强大的科研优势，因此可以说，重建研究院仍是今后实现航空科研跨越式发展的重要目标。
建院选址颇费周折
六院成立后，院址选在哪，建在哪？是院领导心里急切解决的头等大事。唐院长为了节省开支和尽快开展工作，将总部从西颐宾馆搬出，陆续迁到天津市市郊东局子198师营房暂住。工作立刻开展起来，军务处开始招收各类服务人员；管理处组成采购生活办公用品的工作组，并参加天津市召开的越冬煤、冬季大白菜的分配、储运与各种专卖商品分配等会议；刚刚参军由各大专院校分配到六院工作的一千零几十名应届毕业生的训练工作也在天津交通饭店紧张进行。但是天津驻地，对于容纳一个兵团级的工作机关显然过于局促，另外对于加强与军委总部和下属研究所的联系也不是十分理想。这年9月，院务部部长余启龙带着工作人员南下成都，拿着聂荣臻副总理给四川省委书记李井泉的亲笔信，与四川省委商谈六院在四川落户的可行性。此行得到的结论是否定的，不久余部长即回京复命。
1962年春节过后，院领导考虑到六院机关工作上的方便，决定将总部机关搬迁到下属第六研究所（即航空材料研究所，简称“六所”）附近的北京西郊冷泉北京市第六工业学校，并由六所腾出就近的第二食堂给六院作机关食堂。而院领导由于办公地点有限，仍处于分散状态。
1962年国庆节前，军委办公会议决定，将沈阳市塔湾炮兵侦察学校和小河沿炮兵政治学校移交六院，作为飞机设计研究所（第一研究所简称一所）和航空发动机研究所（第二研究所简称二所）的所址；
将洛阳市西宫炮兵学校移交六院，作为航空附件设计研究所（第三研究所）和航空兵器设计研究所（第五研究所）的所址；将北京市北苑炮兵第二研究所（炮二所）所址划分一半给六院作为院址。六院总部最终在院领导和院务部陈伯先副部长组成的工作组与炮二所的协商和现场勘察下达成协议，完成交接工作，六院选址尘埃落定，把工作地点确立在了北苑。
为了使六院总部机关和航空情报研究所（即第四研究所）尽早搬进北苑，虽已近初冬，院务部迅速制订院址整修改造计划。改造任务比较艰巨，首先把南北两栋办公楼进行装修，将两座大食堂整修开伙，把20多栋教学办公室和平房改造成家属宿舍。施工人手一时紧张，院务部请六所给予帮助支持。他们派出土建、水暖、电气配套的工程技术人员和高级技工来规划设计并组织施工，聘请当地大屯乡和洼里乡农民施工队负责改造工程，炮二所管理处给予了积极配合，1963年新春伊始便大兴土木拉开改造序幕。与此同时，六院组成基建部，在他们的组织下，由北京市一建和华北六建承担了在大院保密圈内盖宿舍楼和服务设施的工程。他们仿照高等军事学院将军楼的模式和面积建起两栋高干楼、两栋军官宿舍楼、一栋单身宿舍楼兼招待所、一栋浴室，并扩建了锅炉房和车库，将西门到原办公楼的道路拓宽加铺成沥青混凝土新路。工程延续到1964年全部竣工，而院办公楼、四所办公区和宿舍区的整修改造，在1963年8月就圆满完成搬迁，使六院各项工作顺利展开。
到了1964年，根据国家计委和总参谋部的决定，六院又陆续接收了上海5个小厂、北京教学仪器厂、青岛北海舰队卫校和安徽合肥市董铺宾馆，再加上六院原来组建的11个研究所，至此，六院已经基本形成一个较为完整的上万人的大型航空科学研究机构。
能把逆向研发做好也是本事
六院初建阶段的科研工作，是以摸透米格-21飞机为中心，兼顾歼6飞机的优质过关来展开的，以便逐步走出一条从摸透、仿制、改进改型到自行研制的发展道路。但是就在建院的这一年8月，周总理在北戴河会议上根据国家“调整、巩固、充实、提高”的方针，对国防工业提出了要以“调整”为中心做好调整，要缩小规模，放慢步子，“确保尖端、维持常规”的要求。六院临时党委对此进行了研究，压缩和调整了1962年的基建计划，从原申请的4100万压缩到948万，最后国防科委批准的投资只有200万。面对困难，六院采取“边研究，边建设”的方针，把工作重心放在集中全力摸透米格-21上。他们把工作大体分为三个阶段：翻译、复制、学习、消化图纸资料，参加散装件装配，找出在仿制中可能出现的关键技术问题；围绕关键技术问题进行理论计算和试验研究，摸清其设计思想和设计方法，找出解决问题的办法；带着前两阶段的成果到工厂参加仿制，协助工厂解决仿制中的关键技术问题，通过实践对技术融会贯通，为改进改型和自行设计做好准备。
一所根据院里的部署，在飞机方面拿出70%的主要技术力量投入摸透和仿制工作，并于1963年一季度将飞机图纸资料全部移交工厂。五所在仿制K-13空空导弹方面，与五机部844厂密切合作，保证了工作按节点完成。经过两年摸透工作，院里在1963年夏召开了摸透米格-21经验交流会，根据各所提供的飞机、发动机、机载、材料、工艺和空空导弹方面的技术报告，整理出了《摸透米格-21经验汇编》。技术人员对米格-21的性能和使用特点有了全面了解，为进一步进行专题研究和改进改型打下了基础。
在完成第一和第二阶段摸透工作的基础上，六院同意一所二所从1964年开始搞自行设计的方案，并决定先从改进改型开始。一所副所长叶正大做了米格-21飞机7项小改，以提高飞机使用性能的报告；二所经过反复论证，从20多个方案中择优选出单发910涡喷发动机方案。一所总设计师黄志千为了保障飞机方案的成功，还大胆提出了米格-21的双发方案。二所为了提高飞机性能，提出了采用高温涡轮技术提高发动机推力的意见；六所材料专家荣科当即响应，表示在一年内研制出这一代表世界前沿的高温涡轮。这些自行设计刚开始就出现的科研攻关气势，进一步支持了歼8的早日上马。 除了将米格-21摸透，空军在对敌作战中也曾打下过美蒋一些战机，开展敌机残骸分析工作，给设计人员开阔思路、突破苏联框框，带来了有益帮助。在江西打下的P-2V低空电子侦察机和在福建前线打下的RF-101歼击侦察机，以及在天津等地区打下的两架U-2高空侦察机均由六院会同使用和生产部门进行了残骸分析工作。而后还在院里的几个食堂厅办过美机残骸内部展览，米德·艾军系负责人，还曾来北苑作过参观、指导。
建院初期，如何加强科研管理是个薄弱环节，机关很不健全，又缺乏经验。唐院长很重视这一基础性建设。根据几个老所和中国科学院研究所的管理经验，他们组织专门班子制订科研管理条例和各项规章。
在落实党的知识分子政策上，六院党委坚决贯彻了党中央下达的《科研十四条》，对在历次政治运动中由于受批斗被伤害的知识分子进行“摘帽子、解疙瘩”的工作，其中绝大部分都在政治上予以平反，都参军、授衔、定级。
在科研保障上，明确规定科技人员从事技术工作时间每周不少于5天，政治学习不得超过1天。为了保证这一措施的落实，院里规定，占用科研时间要由所党委把关，研究室上午一律不开会，机关上午不准向研究室打电话、找人，研究室不得接待外来人员。
在与生产的关系上，基于生产部门当时已将科研机构集中于六院，自己只有少部分科技力量保证批生产，工厂出现任务繁重而缺少技术骨干的困难局面。六院除完成科技攻关，还把保证歼6优质过关列为自己的重要任务，固定一定比例的技术力量协助生产部门解决技术关键，还采取由航空工业局、六院统一下达计划和召开联席会议的形式，解决科研生产结合的问题。
六院领导班子配备得也很好。首届班子中，除院长唐延杰外，政委王振乾是罗荣桓亲自向聂荣臻推荐到六院来的。罗荣桓主管全军干部工作，他对聂荣臻说：“办好航空研究院，需要有知识分子干部做领导，我向你推荐一个人，名曰王振乾，1935年参加“一二·九”运动的清华学生。后来到部队，从山东、东北一直打到广东，现任55军政委。”聂荣臻甚喜，将其于1961年调任六院政委，成为唐延杰的黄金搭档。常务副院长曹丹辉是我党我军第一代无线电报务员，新中国电信事业的主要创建人，调任六院前也在高等军事学院就职。他协助唐延杰主持全院的科研试制、物资保障和行政后勤工作，在四年多的工作实践中迅速由外行变成内行，不仅组织领导了米格-21的技术摸透、涡扇5发动机的研制，还主持了歼8飞机的前期试制工作，为航空科研的开创建立了卓越功勋。副院长、少将徐立行原是哈军工教育长，我军少有的科研教育之花。
作为军队建制的六院，到1965年初，根据党中央关于实行科研与生产相结合的决定，与三机部合并，实际仅存在四年。在这四年时间里，六院的工作迅速走向正轨，取得比较显著的成绩，初步打下了科研基础，对飞机的科研已从摸透、仿制开始进入自行设计，对促进我国航空工业的独立发展起到了积极作用。部院合并后，六院全体人员集体转业到地方，脱下军装。唐延杰院长任了短期三机部副部长，后调任国防科委副主任，政委王振乾调任三机部副部长，曹丹辉协助继任院长刘鼎继续担任六院常务副院长，直至1977年谢世。徐立行继任三机部六院副院长，直至六院解体。
分分合合的“部”与“院”
成立六院的初衷是集中使用航空科研力量，但从航空工业生产部门看，把科研设计工作从航空生产中分离出去，不仅是科研隶属关系的变更，更重要的是使科研与生产本应密切结合的工作相互分离。在实际工作中，生产部门缺乏产品开发能力，发展遇到很大困难，因此要求调整体制，收回研究所的呼声十分强烈。
1962年7月，时任国防工委副主任、三机部部长的孙志远正式向中央书记处和中央军委打报告，提出调整国防工业体制的意见，要求实施部院合并的新体制方案。由于认识一时难以统一，又搁置了两年。1964年9月，总参谋长罗瑞卿再次就科研与生产关系问题召开会议进行讨论。1964年11月9日，国防工办召开会议传达军委办公会议决定：成立七机部和六、七、十院分别与三、六、四机部合并。据此，六院与三机部自1965年1月1日起实行合并。1965年9月部院合并不久，三机部又提出部的直属大厂与院的相关研究所的进一步合并。
部院虽然合并了，但还没有来得及深入解决一系列重要的认识问题和实际问题，就迎来了“文化大革命”的巨大冲击，四年分离时存在的对科研与生产作用的认识差异，两者工作性质、工作方法和工作习惯的不同，不同上级领导机关对科研与生产政策的差别，以及军队系统与政府系统人员生活待遇的差距等等矛盾，都在“文革”中激化起来，以致形成科研体制和人心的新的动荡。
主管国防科研工作的聂荣臻一开始就不赞成部院合并的做法。他认为，当时国防工业部门生产的武器装备都比较落后，而且大多是仿制苏联的产品，我们应该适当集中科研力量，在仿制消化技术中自行研制所需要的武器装备；同时像飞机、导弹、原子弹这样的国防战略武器，每一项都是一个庞大的系统工程，由国防科委统管有利于大协作和早出成果；再者，工业部门生产任务压身，完成生产首当其冲，让生产部门管科研，实践中容易忽视或削弱对新型武器装备的研制。
1967年，聂荣臻根据部院合并的混乱情况向中央报送了国防科研体制调整改组的方案。拟将中央批准接管的国防科研单位调整为十八个研究院，计划把它们正式转为军队系统，由国防科委领导。这个方案得到毛泽东的批准，但事后得到江青等的干扰破坏，并未实行。1969年，国防科委把六院23个研究所、六个试制工厂划归空军领导。
“9·13”事件发生后，中央开始关注航空科研问题，对其进行了系统梳理。受周恩来总理委托，中央军委副主席叶剑英主持召开航空汇报会，确立了“部院结合、厂所挂钩”的科研体制整顿原则。为有利于部院结合、厂所挂钩，中央军委批准，将空军领导的六院划归第三机械工业部领导改称三机部第六研究院。三机部副部长段子俊被任命为六院院长兼党委书记。 这次体制调整，解决了生产部门一定要有自己的技术发展部门、自己的武器研究能力这个多年没有解决的问题，同时，把产品型号发展任务放到了部的有关生产局，使研究院的精力集中到了预先研究上，加强了对航空预研工作的组织领导。
但在“厂所挂钩”上出现了曲折。为了更好地贯彻生产与科研的结合，1975年按照410厂和606所结合试点的经验，部里开始实行把原属航空工业实体的院属主机所划归工厂建制，工厂党委对研究所的各项工作实行统一领导。这样做的结果忽视了科研工作独立性的客观规律，给科研工作带来了影响。1977年，606所的同志向叶剑英同志写信，反映厂所结合中“分散科研力量，拖长研制周期，科研物资和资金得不到保障”的问题，建议保存两个实体，充实研究所试制力量，研究合理的科研体制。六院的机构和职权也经过几次改变，先将六院科技部改为飞机部和发动机部，后又改为新机研制部，将其合并到部的飞机局、发动机局、辅机局等各个生产局，将主管新机研制的科研管理人员调往部的有关司局。直到1977年，吕东调任三机部部长、党组书记，出于考虑六院开始解体的情况，对六院任务作出重大调整。决定把原由六院负责的新机型号研制和改进改型工作交由部有关司局管理，六院的任务调整为负责航空科技的基础研究、应用研究、预先研究，为发展性能优良、技术先进的飞机提供科学研究成果。吕东还决定，在经费分配上每年科研经费总额的30%必须用于预先研究。这次调整，基本理顺了部、院机关对航空科研发展工作的管理分工关系。
这时的六院院长由三机部副部长徐昌裕兼任，1980年刘鸿志任党委书记。为了搞好预先研究工作，六院精心编制了《1978？1985年航空科学技术发展规划纲要》。十年“文革”动乱，国际上航空技术发展突飞猛进，中国由于把精力耗费于政治运动，航空科学技术拉大了与世界先进水平的差距，技术储备少，型号研制进展缓慢。随着《纲要》安排的8个关键研究项目和10个专业的199个重大研究课题的陆续铺开，以第四代歼击机为奋斗目标的预研工作，为航空科研的未来展现了良好前景。
六院的“背影”带来的思考
1982年初，中央国家机关进行机构改革，部署大力压缩和精简机构。负责国防工业系统机构改革的国防工办副主任邹家华在部署机构改革中对国防研究院的撤留提出了原则意见，认为“总的是不笼统取消研究院机关”，“研究院在部党组领导下工作，部院机构上确有重复的可合并或简化之”，应“充分利用院机关这个组织，使之成为部的职能机构，又是科研的事业单位……”这时候吕东已另有任用上调，主管航空工业的部领导认为，科研和生产要“统一”起来，六院机关和部机关的有关部门合并，各研究所划归部对口局管理，不要设置“重复机构”。在协调科研和生产的管理体制问题上，认为科研和生产要“一条龙”，生产是“龙头”，应该由生产部门牵头。根据三机部的这些意见，国务院作出了“六院是重复机构”的判断，决定予以撤销。1982年6月7日，部党组发出通知：根据国务院领导人的指示，部党组研究决定撤销六院。
从六院成立到“部院合并”到“部院结合”再到“撤销六院”，中国航空科研道路经历了近22年的体制探索历程。回头看，科研体制反反复复变动的症结不在于科研和生产如何结合的问题，如果站在用加快发展科研来带动整个航空工业高速发展这个战略制高点上来认识和分析问题，答案是明显的。我们与发达国家在航空工业水平上的差距，实质上还是航空科研落后造成的。当年三机部要求变动六院体制，一个很重要的理由是因为三机部一部分技术力量集中到了六院，工厂在生产上缺乏产品开发能力。但是“部院合并”将近17年，航空工业水平发展不快仍旧是个不容忽视的事实。只有站在科研先行的高度去研究科研体制，站在怎样才能缩小我国与世界先进水平的差距上来解决科研与生产的矛盾，才能从纷乱复杂的麻团中理出清晰的思路。
科研和生产内在规律不同，不能搞硬性的、机械的科研生产结合，一定要具体问题具体分析。建国初期我们国家贫穷落后，如何发展科学技术事业还没提升到兴国、强国的高度去研究探索。前期，我们一切都学苏联老大哥，他们毕竟先走了几十年，有成功经验，对我们有过很多重要的援助。中苏关系破裂后，中央意识到独立发展科技力量的重要，决心建立自己的国防科研体系，成立了六院、七院、十院。但在建院不久，工业部门就提出异议，面临体制的第一次变动。主管部门没有从战略高度去深入探讨这个影响深远的问题，把体制变动作为一件具体工作交中央决策。中央依据主管部门的意见，也没有深入考虑体制变动可能出现的不利结果，作出了过急过于轻率的决策。当时担任六机部副部长兼七院院长、后来的中央军委副主席刘华清，在他的回忆录中就说，“坦率讲，对当时的‘部院合并’，我认为是一次决策失误”，“用现在的眼光看，如果当时研究院能稳定几年，有些院不实行‘厂所合并’，而发展成科研-生产联合体，会更有后劲，更有竞争力，更有利于赶超世界先进水平……”给科研更多的独立发展空间，以科研来牵引、带动生产，当科研实力羽翼丰满，再寻求科研生产一体化之路，这不仅是航空科研的经验之谈，更是航空工业发展的必由之路。
纵观西方各个航空大国和俄罗斯的航空发展道路，他们的航空科研管理都有共同的特点，设有规模大、力量集中的航空科研中心；航空科研基本上归于国防科研管理范畴；航空科研机构与工业界脱钩，不在同一系统管理；航空科研机构各有侧重，形成系统。尤其值得提出的是，他们国家航空科研力量如此强大源于体制稳定不轻易变动，要变只是变得更好，而中国航空科研体制的多变与法律不健全密切相关。六院建院初期之所以成果频出，工作效率高，是因为中央军委、国防科委对六院的建院方针、任务、组织体系都有明确指示，当时虽然没有以法律形式颁布，但都是军队建制，组织纪律非常严格，按命令执行。但部院合并实行新体制后，归地方管了，问题也随之多了起来。在科研与生产、科研与型号、科研投入与批生产、型号研制的程序、生产部门与使用部门的关系等问题上出现了种种矛盾，缺乏必要的法规或规章制度规范、监督、制约、协调，主要靠领导人的水平、能力来处理和拿捏，这是体制反复多变，常翻烧饼的重要原因。
1982年六院撤消了，1988年又恢复了航空科学研究院，到了1993年又取消了。2008年中航一集团和二集团合并，为了集中管理科研机构，又分别成立了经济研究院和基础研究院。但是这仍然没有改变航空科研力量的分散状态，因为中航工业实行现代企业的母子公司化管理，各主机研究所分属于各专业化的子公司，两个研究院也是不同子公司的专业化集合。整个航空科研是个完整的组织体系，航空科研的管理是个系统工程，只有到了能把方方面面技术分工和技术组织集中在一起，达到高度协调和融合，才能显示出强大的科研优势，因此可以说，重建研究院仍是今后实现航空科研跨越式发展的重要目标。