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HMMer是用PHMM来对蛋白质或氨基酸序列查询进行分类和匹配的生物信息学软件工具包，但是由于HMMer的并行特性，HMMer在传统的串行化CPU平台上运行十分耗时。采用FPGA对HMMer的核心算法P7Viterbi进行加速，在P7Viterbi算法中存在一个限制并行性的多层循环的迭代间数据依赖关系，以前的工作都是忽略该循环反馈或者串行化这部分程序，从而导致精度和效率的降低。提出了一种基于FPGA的可以适应P7Viterbi的数据依赖特性的基于脉动阵列的并行运算结构，采用自动重算机制来解决阻碍计算并行的