有色稻米是一类特异水稻种质资源,主要由不同色素沉积在水稻种子的种皮内而形成,有色稻米富含蛋白质、氨基酸、植物脂肪、纤维素和人体必需的矿物质,具有特殊的生理功能,而且有色稻米种皮内的色素可作为安全的天然色素用做食品添加剂。其中最为常见的是红色稻米与紫色稻米。水稻红色种皮是由于其种皮内含有原花色素所致,该性状受Rc/rc和Rd/rd2对基因控制,红色为显性,白色为隐性。RcRd表现红色,Rcrd表现褐色,rcRd和rcrd则呈现白色。Rc已被定位于水稻第7染色体上,而Rd则位于第1染色体上。前人研究表明,Rc基因编码一个典型的含bHLH结构的Myc类转录因子,其第6外显子内一个14bp片段的缺失致使种皮颜色由原先的红色变为白色。水稻紫色种皮是由于其种皮内沉积花色素苷所致。该性状由基因Pb与其互补基因Pa共同作用导致。当Pa基因单独存在时,种皮呈白色;当Pb基因单独存在时,种皮呈棕色;当Pb基因和Pa同时存在时,种皮呈紫色。Pb基因已被定位于水稻第4染色体上,而Pa基因则位于第1染色体上。