最高人民检察院检察长曹建明指出，强化内部监督，是坚持和完善中国特色社会主义检察制度的必然要求，是推进检察机关惩治和预防腐败体系建设的必然要求，是推进高素质检察队伍建设的必然要求。而自侦办案作为检察机关的一项重要工作，因制度机制设置以及其他一些方面的原因，与科学发展观的要求还不相吻合，还不同存在重实体、轻程序，重立案、轻结案，重数量、轻质量，重打击、轻保护，重协作、轻监督等诸多问题，影响了检察机关执法公信力。要使自侦办案工作内部监督取得实效，笔者认为应重点强化个案监督机制建设。
　　一是初查跟踪监督制度。初查监督是自侦检察权内部监督的重中之重。鉴于初查行为的启动由职务犯罪偵查部门单方决定，监督制度还没有深入到初查程序中去，使得初查具有很大随意性的情况，为有效监督自侦部门行使初查权，要求启动初查行为应事先报告，由检察长批准。对初查全过程跟踪监督，包括初查目的是否明确、手段是否正当、是否不当使用了属于立案后的侦查措施、初查所获取的资料是否具备转化为证据的现实性、初查是否非法侵害相对人的合法权利等等，防止和杜绝未经批准擅自初查、多头初查、擅自封杀案件的情况发生。
　　二是大案跟踪监督制度。对当地有重大影响案件或督办案件，除按规定必须向党委报告外，还应实行专人办理和专人监督相结合的模式，即对该类案件的线索受理、初查、立案和侦查，指定专人负责，并严格遵守保密规定；在对该类案件办理过程中，指定专门人员进行重点监督；在案件侦结后，实行专人复核，对办案程序、案件质量进行严格把关，防止可能出现的各种疏漏。建立这项制度，还有利于下级院借助上级院的监督外力来克难攻坚，防止和减少地方领导以维护大局为名，搞地方保护主义，不让初查；或准予初查，真要动真格，又借口以教育为主，惩处为辅，不让深查；或受说情干扰，让你本地人查本地人查不下去的弊端。
　　三是报批报备反馈制度。下级检察院直接作出处理决定的案件除依法报请上级检察院审查决定外，办案部门应将有关重点案件的主要法律文书送纪检监察部门备案。如发现有不公正、不廉洁、不文明执法问题的，纪检监督部门可向上级检察机关和有关部门提出纠正建议。如自侦部门不立案、撤销的案件，控申部门复查改变原决定的案件、决定赔偿的案件，刑检部门决定不捕、不起诉的案件，以及无罪判决案件和上级交办案件自侦部门对线索初查后不立案的案件、立案后又作撤销的案件、不起诉的案件、变更强制措施和作无罪判决的案件的法律文书及案卷材料、《扣押、冻结款物清单》的复印件及被扣押、冻结款物的处理情况等，应及时移送纪检监察部门备案。纪检监察部门对备案的案件和文书进行审查后，发现问题及时提出纠正意见，责成限期纠正，并要求自侦部门将纠正情况在规定的时间内反馈到纪检监察部门，从而有效地纠正违法、违纪、违规问题。