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子宫内膜异位症（EMs）患者的在位、异位内膜与正常妇女的在位内膜有遗传、生化、免疫及分子生物学上的差异，EMs患者的在位内膜存在多种有利于经血逆流后存活、黏附、侵袭、血管形成的分子生物学上的异常。EMs的确诊仍依靠有创检查及病理结果。后基因组时代的蛋白质组学是在蛋白质分子水平对细胞或组织正常生理生化变化、疾病机制进行阐明探索的科学。其三大支撑技术包括双向凝胶电泳技术、质谱技术及生物信息技术。寻找差异蛋白的表达对于探明EMs的发生、发展的分子机制，寻找早期诊断的标志物和治疗的靶点都具有重要意义。