【摘 要】
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目的:分析和预测纤维连接蛋白与胶原蛋白具有功能相似性,从而预测蛇毒胶原蛋白酶可以水解破坏纤维连接蛋白。方法:利用NCBI,BLAST,ProtParam,ExPAsy,BioEdit,TMHMM,Signalp3.
【机 构】
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重庆医科大学分子医学与肿瘤研究中心,重庆医科大学病原生物学教研究
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目的:分析和预测纤维连接蛋白与胶原蛋白具有功能相似性,从而预测蛇毒胶原蛋白酶可以水解破坏纤维连接蛋白。方法:利用NCBI,BLAST,ProtParam,ExPAsy,BioEdit,TMHMM,Signalp3.0,COILS,SWISS-MODEL等生物信息学软件对纤维连接蛋白的序列,理化性质,疏水性,跨膜区,空间结构等进行分析和预测。结果:纤维连接蛋白与胶原蛋白具有功能相似性,两者有共同的保守结构域。构成纤维连接蛋白的氨基酸中苏氨酸所占比例最高,而甲硫氨酸所含比例最低。纤维连接蛋白在0-50位氨基酸之间有一个疏水区,在2200-2300位氨基酸之间有一个亲水区。通过信号肽软件分析,预测纤维连接蛋白为分泌蛋白,存在信号肽,可能在跨膜运输中起信号识别作用,其分泌通路为s型。纤维连接蛋白的第231-270位氨基酸之间是个高度保守的结构功能域。结论:纤维连接蛋白和胶原蛋白的结构功能具有相似性,可以预测蛇毒胶原蛋白酶能够水解破坏纤维连接蛋白。
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