HIV-1整合酶与抑制剂金精三羧酸复合物的分子动力学模拟

来源 :化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：liqingxian1986

【摘要】

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用分子对接程序(Autodock)将含有一个Mg2+的HIV-1整合酶核心区(以下简称IN-A)与抑制剂小分子金精三羧酸(简称Aurin)进行对接,预测其未知的复合物结构,然后用分子动力学(MD)方

【作者】

：

朱海梅陈慰祖王存新

【机构】

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北京工业大学生命科学与生物工程学院

【出处】

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化学学报

【发表日期】

：

2004年8期

【关键词】

：

艾滋病病毒复制 HIV-1整合酶抑制剂金精三羧酸复合物分子动力学药物设计分子对接程序 HIV-1 integruse aurintricarboxy

【基金项目】

：

北京市自然科学基金，国家自然科学基金

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用分子对接程序(Autodock)将含有一个Mg2+的HIV-1整合酶核心区(以下简称IN-A)与抑制剂小分子金精三羧酸(简称Aurin)进行对接,预测其未知的复合物结构,然后用分子动力学(MD)方法对IN-A与Aurin的对接结果进行了950 ps的模拟.MD模拟结果发现,IN-A与Aurin形成了两个稳定的氢键,Mg2+也与Aurin上的氧原子形成了稳定的配键,IN-A与Aurin之间的静电相互作用能和范德华相互作用能的平均值分别为-205.8和-162.7 kJ/mol.根据MD模拟得到的IN-A与

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