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期刊论文
一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法
一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法
来源 :应用数学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:rgypf1988
【摘 要】
:
本文在一般罚分(或得分)矩阵条件下推广SPA(Super Pairwise Alignment)算法,该算法是一种次优算法,与Smith-Waterman算法比较,计算速度有明显改进(计算复杂度随序列长度线性增长).
【作 者】
:
沈世镒
张拓
王奎
【机 构】
:
天津市南开大学数学科学学院与LPMC
【出 处】
:
应用数学
【发表日期】
:
2007年3期
【关键词】
:
一般罚分(或得分)矩阵
SPA算法
线性复杂度
General penalty/score matrix
SPA algorithm
Linear comp
【基金项目】
:
国家自然科学基金(10271061,90208022),天南大联合研究项目、刘徽应用数学研究中心资助
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本文在一般罚分(或得分)矩阵条件下推广SPA(Super Pairwise Alignment)算法,该算法是一种次优算法,与Smith-Waterman算法比较,计算速度有明显改进(计算复杂度随序列长度线性增长).
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