【摘 要】
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微卫星或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)广泛存在于真核生物的基因组中,是目前最有用的分子标记之一。本研究首次利用全基因序列对4个禾本科植物种,包括二穗短
【机 构】
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福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室,北京凯拓迪恩生物技术研发中心
【基金项目】
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教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目(20093515120002);福建省自然科学基金项目(2009J05051);国家自然科学基金项目(31101136)共同资助
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微卫星或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)广泛存在于真核生物的基因组中,是目前最有用的分子标记之一。本研究首次利用全基因序列对4个禾本科植物种,包括二穗短柄草(Brachypodium distachyon)、水稻(Oryza sativa)、高粱(Sorghum bicolor)和玉米(Zea mays)的SSR的类型、丰度(数量)、相对丰度、频率、长度和偏好性等进行了分析和比较。结果表明,禾本科植物中SSR的丰度与基因组大小成正比,而相对丰度与基因组大小相关不显著;三核苷酸和六核苷酸基序类型比其它类型更为丰富;不同物种皆呈现出明显的基序偏好性。总的来讲,除个别例外,禾本科植物的基因组中更倾向于富含A/T的基序。本研究结果为研究禾本科植物的基因组进化和SSR标记的开发提供了有价值的信息。
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