【摘 要】
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本文首先介绍序列比对的分子生物学基础，即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础，包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局部比对、点阵图方法、动态规划和启发式算法、计分矩阵和空位罚分，以及常用软件和分析平台。第3节介绍核酸序列比对中常用计分矩阵DNAfull，蛋白质序列比对中常用计分矩阵BLOSUM
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本文首先介绍序列比对的分子生物学基础，即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础，包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局部比对、点阵图方法、动态规划和启发式算法、计分矩阵和空位罚分，以及常用软件和分析平台。第3节介绍核酸序列比对中常用计分矩阵DNAfull，蛋白质序列比对中常用计分矩阵BLOSUM62和PAM250。第4-8节则以血红蛋白、多肽毒素、植物转录因子、癌胚抗原和唾液酸酶为例，介绍双序列比对的具体应用。通过这些实例，说明如何选择分析平台和比对程序、如何设置计分矩阵和空位罚分，如何分析比对结果及其生物学意义。文末进行简要总结。
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