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蛋白质组学定量方法包括相对定量和绝对定量两部分。相对定量蛋白质组学（也称比较蛋白质组学）是指对不同生理病理状态下细胞、组织或体液蛋白质表达量的相对变化进行比较分析；绝对定量蛋白质组学是测定细胞、组织或体液蛋白质组中每种蛋白质的绝对量或浓度。目前蛋白质组学的绝对定量方法主要有基于内标法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法。蛋白质组学定量的信息可以帮助了解蛋白质在相互作用网络中所起的作用；通过对I临床生物标记物绝对量的分析，可以帮助直观地判断疾病的发生和发展过程，这对于临床诊断和疾病治疗