【摘 要】
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当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性
【机 构】
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哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院; 哈尔滨医科大学附属第三医院;
【基金项目】
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黑龙江省研究生创新基金资助项目(YJSCX2012-205HLJ,YJSCX2011-341HLJ,YJSCX2012-223HLJ);黑龙江省教育厅资助项目(11541121,12531227);哈尔滨市科技局优秀学科带头人资助项目(2010RFXXS053);黑龙江省自然科学基金资助项目(QC2012C010);黑龙江省卫生厅科研课题资助项目(2012-798)~~
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当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.
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