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慢性HCV感染的治疗对于HIV和HCV重叠感染的患者，一些抗逆转录病毒治疗可能会影响聚乙二醇干扰素＋利巴韦林抗HCV治疗的结果。对于进行利巴韦林治疗的病人，抗艾滋病药地达诺新（双脱氧腺苷，didanosine）已确定为其禁忌症，因为地达诺新可导致危及生命的并发症，如乳酸酸中毒、失代偿性肝硬化及胰腺炎等，接受利巴韦林治疗时也应该避免应用齐多夫定（叠氮脱氧胸苷，zidovudine），因为齐多夫定会增加导致贫血的危险。