我国长期以来在专利保护上实行行政执法与司法保护平行的"双轨制"模式。专利行政处罚是一个具有中国特色的知识产权保护制度,是对专利司法保护的必要补充。在我国现有知识产权行政执法体系下,有权查处专利侵权或违法行为的行政部门之间往往存在执法权限冲突的问题。究其原因,有专利事务本身的复杂性、法律法规的局限性、部门利益的驱动以及缺少争议协调部门等。从现有权限冲突的规制路径看,专利执法的行政协助、联合执法和综合执法对消减权限冲突所发挥的作用有限,以跨部门协作为主的行政协作机制是提高专利行政处罚效率的发展路径。为了顺应我国法治政府建设和行政体制改革的总体趋势,有必要从顶层设计的角度探索构建和完善跨部门的专利执法协作机制。最终目的是为了提高我国专利行政执法效益,维护权利人的合法权益,保障激励创新的市场竞争秩序。