日本生态农业概念的提出始于20世纪70年代，而生态农业发展经历了强调农产品（加工品）质量安全、农业生态环境质量保全，到实现可持续发展的过程。由于日本本国农业资源有限，因此日本的生态农业的形式往往因地制宜、多种多样。主要有以下几种：
　　第一，再生利用型。即通过充分利用土地的有机资源，对农业废弃物进行再生利用，减轻环境负荷。如，将家畜粪便经堆放发酵后就地还田作为肥料使用，将污水经处理后得到的再生水用于农业灌溉等，这都是充分利用农业再生资源的措施。
　　第二，有機农业型。即在生产中不采用通过基因工程获得的生物及其产物，不使用化学合成的农药、化肥、生长调节剂、饲料添加剂等物质，而遵循自然规律和生态学原理，协调种植业和养殖业的平衡，采用一系列可持续发展的农业技术，维持农业生产过程的持续稳定。其主要措施有：选用抗性作物品种，利用秸秆还田、施用绿肥和动物粪便等措施培肥土壤，保持养分循环；采取物理和生物的措施防治病虫草害；采用合理的耕种措施保护环境，防止水土流失，保持生产体系及周围环境的基因多样性。
　　第三，稻作—畜产—水产三位一体型。即在水田种植稻米、养鸭、养鱼和繁殖固氮蓝藻的同时，形成稻作、畜产和水产的水田生态循环可持续发展模式。这种模式的做法是在种植水稻的早期开始养鸭，禾苗长大后，田中出现的昆虫、杂草等为鸭提供饲料，鸭的粪便作禾苗的肥料，又可为水田中的红线虫、蚯蚓、水蚤及浮游生物提供食物来源，同时又给鱼等提供饵料，从而实现生态循环。这种生态农业技术已在日本农村推广和普及，该技术所产生的综合效益亦被众多水稻种植农户所认可。
　　第四，畜禽—稻作—沼气型。即农民在养鸭、牛等家畜的过程中，将动物的粪便作为供制造沼气的原料。同时，农作物的秸秆经过加工用来作家养畜禽的饲料，或作为沼气的原料，沼气又可为大棚作物提供热源等。这样，经过能量转换实现生态的均衡，并且生产的农作物比较环保，又能实现经济效益。