医院感染又称医院内感染或医院内获得性感染，其伴随医院的出现而发生，感染率有迅速增长之势，不仅增加了患者的发病和痛苦死亡率上升，而且住院时间明显延长，加重了患者的经济负担。因此医院感染成为一个广大医务工作者当前严峻的问题。
　　医院感染的发生包括感染源的存在、传播途径、易感人群3个环节。其发生主要有外源性感染和内源性感染，引起院内感染的病原微生物种类多，而且具有一定特点和对应用抗生素不同而变化的特点。因此细菌学检验在院内感染的诊断，监测，消毒灭菌效果评价及抗菌药物的合理使用方面具有重要作用。
　　对各种临床标本做出正确的病原学诊断，指导临床正确采取患者标本(例如：痰培养，很多患者吐唾液就来送检，没一点儿临床价值)对其进行涂片、染色、鉴定，可作出初步的病原学诊断。
　　对医院及重点科室的环境和医护人员的手进行病原学监测：当出现医院感染流行时，除对各种临床标本进行微生物学检查外，亦对院内环境传播途径、医护人员手的带菌情况及各重点科室进行微生物学监测和检查，及时反馈。
　　对病原菌的耐药性监测：近年来由于抗菌药物的广泛甚至比合理使用，使细菌的耐药性更加严重和复杂(如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的迅速发展，耐青霉素肺炎链球菌日益增多等)，因此细菌耐药性监测可指导临床医生合理使用抗生素。
　　对院内消毒灭菌效果进行生物指标监测：医院中使用的消毒灭菌方法很多，如物理灭菌法(如高压蒸汽灭菌、干热灭菌、紫外线、辐射等)，化学消毒法(如环氧乙烷、碘伏、洗必泰、戊二醛、甲醛、季胺盐等)对于消毒灭菌效果的监测，使用的方法也很多，如化学指示剂、压力表监测法、留点温度计法等，但最为可靠的方法为生物指标，即用某些特异的菌种作为指示菌，视其是否被杀死作为消毒灭菌的指标，如用嗜热脂肪芽胞杆菌作为压力蒸汽灭菌的生物指示剂，应用枯草芽胞杆菌黑色变种作为紫外线杀菌的指示菌，应用金黄色葡萄球菌和枯草芽胞杆菌黑色变种作为化学消毒剂杀菌的指示菌。今年来发生数起重大医院感染事件均和消毒灭菌是否彻底有关。
　　医院感染学已成为一门较新的学科，我国开展医院感染管理与监控工作也只有10余年的历史。我国医院感染发病率较高，滥用抗菌药物的现象比较严重，消毒灭菌工作尚存在不少问题，一次性医疗物品的使用和管理亦待完善，医院感染和临床微生物学检验关系密切亦需进一步加强。摆在我们面前的任务十分艰巨，我们坚信通过广大医务人员的坚持不懈的努力一定能够把我国医院感染的发病率降到最低水平，把医院感染预防和监控工作提高到一个新的阶段，为广大患者解除不必要的痛苦作出应尽的努力。