本轮科技改革的主体架构和主要政策已基本建立，新科技計划体系已初步成型，改革成果得到了科技界基本认可，实现了“五新”，即“新的计划体系”“新的项目形成机制”“新的管理流程”“新的制度环境”以及“新的创新氛围”。
　　一、本轮财政科技计划管理改革已取得明显成效
　　改革开放以来，我国先后设立了近百个科技计划（专项、基金等）。这些科技计划项目培养和聚集了高水平的科研队伍，取得了一大批举世瞩目的重大科研成果，有力支撑了我国的改革开放和现代化建设事业。同时，随着新科技革命、产业变革和经济社会的快速发展，科技计划和项目管理中存在的一些问题逐渐凸显出来。
　　为加快实施创新驱动发展战略，按照深化科技体制改革、财税体制改革的总体部署，2014年，国务院发布《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案》（以下简称《方案》）。根据《方案》的要求，本轮科技计划和项目整合主要从两个方面开展：一是打破管理层各自为政的局面，二是整合原有的各类科技计划，将国家层面的科技计划优化整合为五大类，即自然科学基金、科技重大专项、重点研发计划、技术创新引导专项（基金）和基地与人才专项。
　　目前，本轮科技改革的主体架构和主要政策已基本建立，新科技计划体系已初步成型，改革成果得到了科技界基本认可。实现了“五新”，即“新的计划体系”“新的项目形成机制”“新的管理流程”“新的制度环境”以及“新的创新氛围”。
　　管理方面，建立了公开统一的国家科技管理平台——联席会议制度，安排决策科技发展重大任务。相关部门通过共同协商，共同研究，共同论证，形成共识，经国务院报批以后组织实施。以组建项目管理专业机构为例，通过竞争择优方式遴选，科技部、工信部、卫计委和农业部所属7家科研管理类事业单位改造组建了7家科研项目管理专业机构，并已全面承接具体项目管理工作，这为政府部门从具体项目管理事务中解脱出来、将主要精力用于“抓战略、抓规划、抓政策、抓服务”创造了条件。
　　科技计划整合方面，近百项科研计划已有近50项进行了初步的整合。数据显示，2016年，我国科技重点研发计划共立项实施1300个科研项目，涉及中央财政资金320多亿元，当年拨款超130亿元；2017年支持项目约1000个，与改革前相比，项目数量减少了约50%，平均资助强度增加约54%。
　　二、科技计划项目管理方面仍然存在一些问题
　　总的来看，本轮科技计划管理改革取得了一定的成绩，科技计划管理机制不断完善，对科技计划项目的资助力度显著增强。同时，也要清醒的认识到，科技计划管理中存在的一些老问题尚未完全解决，新问题又在不断出现，改革仍然存在一些需要改进和完善之处。
　　科技计划多头管理，集中度不够
　　2015年科技计划管理改革后，我国从事国家科技计划管理的机构主要包括：国家自然科学基金委员会按照《国家自然科学基金条例》承担国家自然科学基金的管理工作；其他的国家科技计划项目管理工作主要由国务院各部门内设的科技管理司局及下属科研管理类事业单位承担。科技部、教育部、工信部、农业部、卫计委等部门承担项目管理任务比较集中。此外，一些国有企业、转制院所，行业联合会、协会、产业技术联盟也参与了部分国家科技计划的组织实施工作。总体来看，科技计划管理机构虽然比改革前有所减少，但还是比较分散，集中度不够高。
　　项目多头申报，重复资助，信息不畅
　　科技计划管理部门集中度不足，必然带来项目多头申报和重复资助的问题。目前，我国仍然存在50多个科技计划和项目，分属41个具有中央财政预算支出的不同部门管理。如何避免重复资助是今后改革中值得注意的重要问题之一。
　　例如，执行中央财政预算的41家单位，每年的课题及相关内容还没有完全体现在“国家科技管理信息系统公共服务平台”上。由于平台只开放单位注册而没有开放个人用户注册，所以即使已经被纳入该平台的课题，相关个人也不能在系统中进行查询。由于政出多门，信息不够透明，从国家层面上对多头申报的监管必然在一定程度上流于形式，造成资金的浪费和管理的低效。
　　管理政策与科研活动特点不相适应，不够协调
　　目前，科研计划资金管理政策还存在着一些与科研活动特点不相适应的地方。比如结余资金全额上缴、预算编制要求过细过严等，增加了科研人员的经费使用压力；一些高校、科研院所的科研人员反映科技计划资金管理“重物轻人”，人员激励不足、获得感不足；报销难，出差、会议管理“一刀切”等。对科研资金违规问题的惩戒力度不够，发现问题时，缺乏有效的惩罚手段，大多“整改了之”，资金监管的警示作用仍发挥得不够。另外，监督检查存在重复交叉。责任机制不健全，项目管理部门、项目承担单位、课题负责人和评审专家之间权责不明晰，形成责任真空，各个管理环节的履职尽责意识不强，问责和信用评估机制没有完全跟上。
　　三、及时总结问题，加大改革力度
　　科技计划管理改革是一项复杂的系统性工程，不可能在短时间内各个环节都做到尽善尽美。科技计划管理改革的推进过程，也是一个不断总结经验，对老问题攻坚克难，对新问题勇于应对的过程。面对改革中存在和出现的问题，不应故步自封，止步不前，而应该知难而进，砥砺前行，进一步加大科技计划管理改革力度，在改革中解决问题，在改革中取得进步。
　　加强顶层设计，实施科技计划全链条化管理
　　以国家创新驱动发展战略为导向，瞄准重点领域，聚焦重大任务，进一步加强科技计划管理的顶层设计和统筹协调，整合国家自然科学基金委员会、科技部、教育部、工信部、农业农村部、卫生健康委员会等承担项目管理任务比较集中的中央部委，在现有的部际联席会议基础上，设立中央科技计划领导工作办公室，统一领导、管理、协调科技计划管理工作，对科技计划立项、评审、验收、审计、绩效和综合评估实施全链条一体化管理，推动科技计划管理改革工作步入良性循环的轨道，确保科技体制改革顺利向前推进。
　　打破信息屏障，引入第三方机构强化监督管理
　　在科技计划管理改革中，要切实打破条块分割、多头管理带来的信息藩篱和屏障，落实相关政策措施，加强对科技计划申报和管理工作的监督。可以探索引入第三方监督管理机构，与已有的专业机构形成良好的管理监督机制。严格彻底的实施科研项目管理改革措施，做到严格执行专家回避制度，严格专家入库机制、严格执行评审专家随机抽取制度，试点答辩视频公开制度，答辩现场开放制度等等，营造良好的公平竞争氛围。
　　完善政策体系，对承担单位和负责人实施信用评估管理
　　在经费管理政策方面，要根据宽严相济、注重信用的管理原则，进一步完善政策体系，落实政策细则，使科技计划经费方面的政策落地、落细、落小，在科研项目预算调整、劳务费支出、间接费用分配、结转结余资金使用、差旅会议费标准等方面，赋予科研单位和科研人员更大的自主权，并与项目承担单位和负责人信用评级挂钩。
　　在项目执行过程中，可以允许各专项负责人根据实际情况对预算经费进行动态调整，不断完善预算执行情况，改进项目预算评审方式。
　　同时，在经费使用监督管理方面，适时开展“二次督查”，会同有关部门将督查结果纳入信用管理，与项目承担单位间接费用核定、结余资金留用等挂钩。严格执行项目负责人终身负责制，根据预算执行、经费使用和信用评估情况，对项目承担单位和负责人实施相应奖惩措施。