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染色质高级结构是基因转录调节的重要因素，染色质多重相互作用是高级结构中的一种，是多个（≥3）染色质片段在空间上相互接触而形成的紧凑结构。为了解染色质多重相互作用这类高级结构的特征及其在干细胞中分化中起到的作用，通过对Hi·C数据进行相关分析并计算基因的FPKM表达量，研究了染色质多重相互作用。分析发现：多重相互作用约占所有作用的30％，包含近70％的基因；此类作用区域的高表达基因多于低表达基因；且与组蛋白乙酰化相关性高。在分化过程中，多重作用位点数目和比例减少；位于多重作用区域的基因的表达略有降