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以美洲南瓜有壳品系＂金辉二号-2＂和无壳品系＂0516-2＂进行杂交,获得193个F2单株作为作图群体,利用AFLP分子标记技术和集群分析法（BSA）对与美洲南瓜裸仁基因连锁的分子标记进行研究。结果表明,找到了与裸仁基因n连锁的4个AFLP标记：E19M60-C、E22M48-B、E13M60-A和E25M51-D,连锁遗传距离分别为8.9、14.1、17.5和18.8 cM。同时将E19M60-C转化为操作简便、表现稳定的SCAR标记,用于美洲南瓜的分子标记辅助育种。