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cnvPartition算法在单核苷酸多态性数据上运算时间复杂度较高。为此,提出一种改进的基因拷贝数变异(CNV)检测算法。将二元分割与cnvPartition算法相结合,优先查找显著变异断点,再检测出隐藏性变异断点。实验结果表明,该算法在位点数增加时,最高可提高50%的检测速度,利于检测出小片段的CNV变异。