【摘 要】
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利用MISA(Micro SAtelite)软件对藏茵陈川西獐牙菜转录组序列68 787条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现5 099条序列中含有5 610个SSR位点,发生频率为7.4
【机 构】
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中央民族大学生命与环境科学学院,中国中医科学院中药资源研究中心道地药材国家重点实验室培育基地,美国加州大学戴维斯分校植物科学系,
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利用MISA(Micro SAtelite)软件对藏茵陈川西獐牙菜转录组序列68 787条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现5 099条序列中含有5 610个SSR位点,发生频率为7.41%,共有220种重复基元,平均每12.60 kb出现1个SSR位点。三核苷酸重复基元SSR出现频率最高(45.99%),其次是二核苷酸(41.62%)。AT/TA和AAT/TTA是二、三核苷酸中的优势重复基元。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR以5~10次重复为主,基序长度主要集中于12~30 bp。在藏茵陈川西獐牙菜转录组中注释的30 651个contigs中,有1 447个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(928,64.13%)。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论表明这些转录组SSR具有较高的可用性。该文通过对藏茵陈川西獐牙菜转录组资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发藏茵陈川西獐牙菜的SSR功能性标记提供了丰富的候选序列。
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