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全世界范围的水资源短缺促使许多国家和地区开始寻找增加原水供应的途径,其中污水回用在许多地区和国家被证明是一条切实可行的途径.在水源性疾病的传播和控制方面,隐孢子虫仍然处于最重要的位置.美国国家环保总署的标准检测方法1622是目前检测水中隐孢子虫卵囊最先进的方法.尽管1622方法在特异性和灵敏性方面仍然存在一些问题,但已经比以往的检测方法明显提高.因此1622方法目前已被许多国家采纳作为检测水中隐孢子虫卵囊的标准方法.由于1622方法无法区分隐孢子虫虫种,因此科学家们建立了可以鉴别水中隐孢子虫虫种和基因型的分子分型方法,作为对1622方法的补充和延伸.分子分型方法可以用于追踪水中隐孢子虫的宿主来源,从而了解水中隐孢子虫的公共卫生意义.目前研究结果显示水中部分隐孢子虫卵囊对人有致病性。