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目前科技投入绩效评价存在的问题是科技投入资金的管理缺乏必要的绩效评价;科技投入绩效评价方法不实用;评价指标偏重于经济指标;科技投入当前效益与企业未来效益的平衡问题;忽略了项目的进度和中间过程等。基于此,本文设计的指标主要包括反映科技投入成本的指标;科技投入带来的关联效益指标;反映被评价单位未来发展潜力的指标。