生态林管护和建设工作是从根本上遏制生态环境恶化，保护生物多样性，促进社会、经济可持续发展的一项重要工程。随着生态林建设的推进，生态林管护量逐步增加，管护难度不断加大，
　　苗木猝倒病原菌种类多，各种病原菌对环境条件的要求及对各种杀菌劑的反应均有所不同。该病害分布广，各地区的病原菌种类也不完全相同。此外，寄主范围广，对土壤的适应性强，在土壤中生存时间久，且因病害主要发生在种芽及幼苗阶段，一旦发生很难挽救，这说明了病害发生的复杂性及防治的难度。因此，一要认真做好预防工作，尽量做到病害不发生或少发生；二要因地制宜采取综合防治措施，从不同角度控制病害的发生，特别是采取合理的育苗措施培养健康壮苗是防治此病的关键，将防病措施贯穿到育苗的各个生产环节。
　　一、选好苗圃地
　　要求地势平坦、土层较厚、透水透气性良好的微酸性沙质壤土或黏性土壤，切忌在地势低洼、积水、排灌水不便和土壤黏重的地段上育苗。前作为蔬菜、瓜类、棉花、玉米、花生等作物的土地上不宜培育针叶树苗木，如需在这些地上育苗要对土壤进行消毒。新开荒地育苗病害较少。
　　二、实行轮作
　　为减少病菌在土壤中的积累，尤其猝倒病发生严重的地段更要避免连作，具体树种可阅轮作的有关部分。但如果连作发病率不高，而菌根发育好的苗木，亦可连作。
　　三、精耕细作
　　铺地深耕耙平，利用充分腐熟的农家的机肥作基肥，不要偏施氮肥，以基肥为主，追肥为辅。做高床条播，可在播种沟内垫1层1～2厘米厚的无菌土或火烧土，播种后在种子上面再覆1层无菌土或火烧土。
　　四、选择适宜的播种量和播种期
　　播种量直接影响苗木的密度，并关系到苗木的产量，因此播种数量要适宜。播种期根据各地春季天气温度变化及雨季时间而定，要求雨季之前茎已木质化，一般来讲适当提前播种比晚播种好。
　　五、控制灌水
　　苗床土壤湿度与是否发病及发病程度关系非常密切，因此要严格控制灌水量，减少猝倒病。大、中粒种子播种前灌足水，播种后到幼苗出土前不灌水，幼苗出土后在病害发生危险期内，在不影响苗木正常生长的情况下，尽量少灌水。小粒种子也应根据情况适当少灌水。
　　六、及时撤除遮阴草帘
　　夏季高温时为防幼苗日灼，需要用草帘覆盖物遮阴，但当幼苗逐渐长大、抗病性提高时要及时撤除草帘，以免湿度过大，幼苗脆弱，引起茎叶腐烂。
　　七、化学药剂防治
　　由于猝倒病菌主要来源于土壤，故在播种前利用化学药剂处理土壤可以抑制或杀死病菌，达到防治猝倒病的目的，虽然猝倒病菌一般不是由种子带来，但用药处理种子后，药剂随种子一同进入土壤，仍可对种子周围土壤中的病菌起抑制或杀灭作用。
　　五氯硝基苯对丝核菌有较好的杀菌作用，且持效期长，因此，在以丝核菌为主要病原体的地区，用此种药剂作为土壤处理效果很好。但它对镰孢菌及腐霉菌效果不好，所以要和其他杀菌剂混合使用。如敌磺钠、苏化911（甲基硫化砷）、代森锌等，混合比例为：五氯硝基苯75%，其他药剂25%，施用量为每平方米4～6克。使用时在药剂中混入细沙，做成药土，药与土的比例为1：200～400。播种时先将药土在播种沟中垫1厘米厚，然后播种，播种后用药土覆盖。舒化911、敌磺钠也可单独使用，舒化911用量为每平方米30%的粉剂2克，敌磺钠用量为每平米75%的粉剂4～6克。用药时均要混细沙做成药土，使用方法与五氯硝基苯相同。
　　硫酸亚铁（黑矾）是常用的土壤消毒剂，不仅具有杀菌作用，还可调节土壤的酸碱度，并可增加土壤中的铁元素。使用时配成2%～3%水溶液浇灌，每平方米用量9升，也可混入细沙，比例为2～3克的药加入细沙97～98克，每公顷撒1500～2250千克药土。
　　40%甲醛（福尔马林）是效果非常好的土壤消毒剂，培育名贵苗木，面积比较小或试验研究时可以用甲醛处理土壤，用量为40%甲醛50倍液每平方米6升。在播种前将药液均匀撒在土壤上，然后加塑料薄膜覆盖，播种前1周撤去覆盖膜，药味去净后才能播种，否则会发生药害。
　　敌磺钠是效果很好的种子消毒剂，用75%敌磺钠可湿性粉剂2～3克加入1000克的种子中，充分搅拌后播种。
　　苗木猝倒病的防治重点是做好出苗前额预防工作，一旦发病则发展非常快，来不及采取措施就可能出现大批苗木死亡，发病后再进行处理只是一种辅助措施。具体做法：当苗木出现猝倒病症状时，尽快要药剂处理，在苗木基部撒施前述的药土，也可喷洒70%敌磺钠可湿性粉剂的500倍液或1：1：120～170的波尔多液。撒药或喷药后在苗茎基部要随即用清水冲洗，以防茎叶受药害。
　　八、生物防治
　　在播种沟内施入带有菌根菌的松林土或撒入菌根制剂，接入菌根菌不但有利于松苗的生长，而且可以减轻猝倒病的危害。此外，用哈氏木霉的麦麸蛭石制剂每平方米100克防治由茄丝核菌引起的苗木猝倒病有明显效果，用枯草芽孢杆菌类防治由茄丝核菌引起的杉苗猝倒病效果显著。