目的了解2012年北京市朝阳区引起手足口病的非EV71、非CoxAl6型肠道病毒的病原构成及优势型别,为本地区手足口病的防控工作提供科学依据。方法收集2012年手足口病患者咽拭子样本或粪便样本共815份。经Real-time PCR确定非EV71、非CoxAl6型肠道病毒阳性样本;PCR分别扩增病毒5’UTR区和VP2基因区片段,对PCR阳性扩增产物进行测序,经BLAST比对确定病毒型别;并对VP2基因序列进行聚类分析。结果 Real-time PCR确定了61例非EV71、非CoxA16型肠道病毒阳性样本。测序结果共确定CoxA10型44例(73.3%,44/60)、CoxA6型8例(13.3%,8/60)及CoxA4型1例(1.7%,1/60);有1例样本确定为EV71型;另有7例样本分型失败。聚类结果显示本地区的CoxA10型、CoxA6型和CoxA4型肠道病毒的VP2核苷酸序列与中国地区的毒株有较高同源性,而与其各自的原型株同源性相对较低;此外,本地区的CoxA6型肠道病毒存在两个传播链的共循环。结论 2012年北京市朝阳区引起手足口病的非EV71、非CoxAl6型肠道病毒型别多样,包括CoxA10、CoxA6和CoxA4型。CoxAl0型为非EV71、非CoxAl6型肠道病毒中的优势型别。