西红花是我国传统中药材，以花柱入药，被誉为“植物黄金”。MADS-box转录因子家族在显花植物的花器官形成和分化过程中发挥重要作用，其有极大的可能影响西红花花器官的形成进而影响花柱发育。本研究采用生物信息学方法，对来自西红花转录组数据库中的17条MADS-box转录因子的核苷酸进行解读，及对其编码的氨基酸序列的组成成分、理化性质、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、亲疏水性、蛋白质的二级、三级结构及功能域进行预测分析，并将西红花和其他植物的MADS-box蛋白进行同源比对，同时构建了西红花和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明，西红花MADS-box基因的开放阅读框在630~750 bp左右，分子量在24 kD至29 kD之间，理论等电点(pI)均大于7，介于8.69~9.54之间，表现为碱性疏水蛋白，既不含有信号肽也没有跨膜结构，二级结构主要原件为α-螺旋和无规则卷曲，含有一个MADS-MEF结构域和K-box结构域。氨基酸同源性比对结果表明西红花和石刁柏的MADS-box蛋白同源性较高。与拟南芥的进化树分析结果显示，西红花MADS-box蛋白可聚为两大类，分属于MIKC和Mβ亚家族。本工作可为今后进一步深入研究西红花MADS-box蛋白的生物学功能提供可靠的参考依据。