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对番木瓜不同材料及其深加工制品的核酸提取方法进行了优化。成功提取出DNA。选取番木瓜特异性的内源蛋白PAPAIN基因片段作为内参基因,用于检验提取DNA的质量,有效避免了聚合酶链式反应PCR的假阴性并能用于确定检测样品中是否含有番木瓜成分。选取国内目前应用比较多的外源目的基因环斑病毒外壳蛋白(CP)基因以及复制酶(RP)基因作为品系鉴定的基因。适用于出入境检验检疫部门和农业部门对转基因番木瓜及其制品的检验监测。