为了更好地了解珊瑚礁区生物群落应对环境变化的生态响应机制,以及浮游生物群落结构与珊瑚礁发展发育的关系,我们于2006年10月26日至11月10日对三亚珊瑚礁保护区9个有珊瑚礁分布的站点进行了浮游生物群落结构的调查。共鉴定出浮游植物种类61属130种(包括变种、变型),其中硅藻门48属101种,甲藻门10属25种,蓝藻门2属3种,金藻门1属1种。硅藻门的角毛藻属(Chaetoceros)种类最多,根管藻属(Rhizosolenia)的种类次之。调查海区浮游植物的细胞丰度范围为348–11,320个/L,平均为3,247个/L。在浮游植物群落中硅藻占绝对优势,平均丰度为3,230个/L,占总密度的99.5%。调查海区共鉴定出浮游动物76种,其中桡足类29种,水母类17种,浮游幼虫10种,毛颚类7种,被囊类6种,浮游腹足类4种,十足类、多毛类和介形类各1种。调查海区浮游动物的密度范围为43–190个/m3,平均为114个/m3。优势类群为桡足类、各类幼虫和毛颚类,平均分别占浮游动物总密度的28.5%,27.7%和13.6%。各站位浮游植物的多样性指数和均匀度平均分别为3.98和0.70,浮游动物的多样性指数和均匀度平均分别为4.37和0.87。鹿回头和大东海海域的浮游植物密度大,而生物多样性指数低。活的造礁石珊瑚种数和覆盖率高的站点的浮游生物多样性也较高。