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目的 构建膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,.BUC)尿液差异蛋白数据集,筛.选核心差异蛋白并初步验证.方法 于2015年1月至2016年11月在天津医科大学第二医院泌尿外科住院病房,采集膀胱上皮癌患者术前尿液标本78例,其中男性55人,女性23人,年龄(68.9±6.6)岁.同时收集51例健康志愿者尿液标本用于对照组分析,其中男性34人,女性17人,年龄(60.6±11.0)岁.采用同位素相对标记和绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)对BUC组混合尿液样本4例和对照组混合尿液样本2例,共6例尿液混合标本进行比较蛋白质组学研究,找出两组间的尿液差异蛋白,选取差异倍数前20的差异蛋白进行质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术验证;应用R语言cluster profiler包等进行差异蛋白的京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析、应用R语言的org.Hs.eg.db包等进行基因本体(Gene ontology,GO)分析,初步选取有意义的差异蛋白,构建BUC尿液差异蛋白数据集.应用R语言绘制蛋白间相互作用(protein protein interaction,PPI)图,筛选核心差异蛋白.用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)验证核心差异蛋白在尿液中的差异存在.结果 通过分析得到101个BUC尿液差异蛋白,其中37个蛋白表达上调,64个蛋白表达下调.MRM检测到10个差异蛋白;KEGG分析显示差异蛋白显著富集在其他聚糖降解,补体和凝血级联这两个代谢通路,包含11个差异蛋白;GO分析显示差异蛋白主要参与细胞黏附分子结合、羧酸结合、有机酸结合、糖胺聚糖结合、肽链内切酶激活等生物过程,涉及54个差异蛋白;三者共同构成BUC尿液差异蛋白数据集,包括69个蛋白.通过蛋白互作分析筛选出APOE和APOA4为核心差异蛋白.ELISA结果显示:BUC组和对照组的APOE平均浓度分别为0.55和0.30 pg/mL.BUC组和对照组的APOA4平均浓度分别为3.33和7.01 ng/mL.与对照组相比,BUC组尿液中APOE和APOA4浓度均增高,差异有统计显著性(P＜0.05).结论 应用iTRAQ-MRM-R语言策略可以辅助构建BUC尿液差异蛋白数据集,并进一步筛选出核心差异蛋白,为BUC的诊断及治疗提供新的靶点.