目的构建适用于我国基层医疗机构的疾病分类体系。方法自北京、四川、湖北、江苏、广西5省(市)的基层医疗机构获取2014年的门诊诊断统计数据,经数据清理后筛选出基层医疗机构常见西医诊断和常见中医诊断,纳入基层医疗管理病种,分别与ICD-10疾病统计短表和《中医病证分类与代码》中的病证类目表构成基层医疗西医疾病和中医病证分类体系,并选择社区卫生服务中心对代码库进行试点应用。结果 243个常见西医疾病、45个管理病种和ICD-10第二版疾病统计短表的275个类目构成基层医疗西医疾病分类代码库。62个常见中医疾病和52个中医疾病类目以及82个常见中医证侯和259个中医证候类目构成基层医疗中医病证分类代码库。试点结果显示,基层库中常见西医疾病代码可覆盖该社区卫生服务中心87.2%的西医诊断。基层中医诊断代码库中的常见疾病代码和常见证候代码分别覆盖该中心94%的中医疾病诊断和76.9%的中医证候诊断。结论我们基于《疾病分类与代码》和《中医病证分类与代码》国家标准构建了基层医疗疾病分类体系,它将促进基层卫生信息规范化建设,提高基层卫生统计数据质量,解决基层医疗机构疾病转诊、医保付费以及绩效考核的信息传递,填补基层医疗疾病数据的空白,对基层卫生事业发展产生积极地推动作用。