【摘 要】
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为确定桃叶珊瑚属(Aucuba)植物叶绿体基因组的结构组成及其序列差异,揭示其属下种间亲缘关系,该研究对桃叶珊瑚(A. chinensis)、花叶青木(A. japonica var. variegata)等6种桃叶珊瑚属植物和丝缨花属植物黄杨叶丝缨花(Garrya buxifolia)进行二代测序,利用生物信息学软件对其叶绿体基因组序列进行组装和注释,并进行基本特征分析、序列比较以及系统发育分析
【基金项目】
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广州中医药大学“青年英才培养工程”项目(QNYC20190105); 国家自然科学青年科学基金项目(31700166); 2019年医疗服务与保障能力提升补助资金(中医药事业传承与发展部分)“全国中药资源普查项目”(财社[2019]39号);
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为确定桃叶珊瑚属(Aucuba)植物叶绿体基因组的结构组成及其序列差异,揭示其属下种间亲缘关系,该研究对桃叶珊瑚(A. chinensis)、花叶青木(A. japonica var. variegata)等6种桃叶珊瑚属植物和丝缨花属植物黄杨叶丝缨花(Garrya buxifolia)进行二代测序,利用生物信息学软件对其叶绿体基因组序列进行组装和注释,并进行基本特征分析、序列比较以及系统发育分析。结果表明:(1)桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组具典型的环状四分体结构,6条序列全长157 891~158 325 bp,均编码114个基因,包括80个蛋白质编码基因、30个t RNA基因和4个r RNA基因;(2)6种植物叶绿体基因组高频密码子数均为29个,偏好以A/U结尾,确定了这6条序列的最优密码子共100个,包含12个共有的最优密码子;(3)6条叶绿体基因组序列共检测到270条散在重复序列,133条串联重复序列以及412个SSR位点;(4)比较基因组学分析结果表明,该属植物叶绿体基因组序列高度保守;(5)从叶绿体基因组中筛选出10个高变片段;(6)系统发育分析结果支持桃叶珊瑚属为一支持率高的单系,其与丝缨花属关系较近。该研究对象的5种桃叶珊瑚属植物以及1种丝缨花属植物的叶绿体基因组均为首次测序组装,揭示了桃叶珊瑚属及其属下种间的系统发育关系,为桃叶珊瑚属植物的分类鉴定和系统发育提供了参考资料。
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