【摘 要】
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siRNA设计是RNAi研究中的一个重要部分。由于靶向基因可分割成数以千计的候选siRNA,找到其中最有效的siRNA具有一定的挑战性。本文融合特征分析研究成果和多机器学习方法,设
【机 构】
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燕山大学信息科学与工程学院,中国科学院计算技术研究所,中国环境管理干部学院信息工程系
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siRNA设计是RNAi研究中的一个重要部分。由于靶向基因可分割成数以千计的候选siRNA,找到其中最有效的siRNA具有一定的挑战性。本文融合特征分析研究成果和多机器学习方法,设计并实现了一个siRNA在线设计系统。将目标RNA的二级结构作为影响siRNA干扰效率的评分因素,以挑选靶向合适位置的siRNA序列。对于给定的目标基因,系统经过设计得出若干高效siRNA序列的沉默效率及其相关信息。实验测试结果表明,本系统具有较高的siRNA有效性预测精度。
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