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在考古发掘基础上,野外共采集样品217个,对遗址地层剖面中63个样品进行了有孔虫、植物碎屑及种子化石等的鉴定分析,对4个地层相关样品进行了14C测年及相关分析。在第10层的泥炭层中发现底栖有孔虫2种1属,即压扁卷转虫（Ammonia compressiuscula）和近亲卷转虫相似种（Ammonia cff.sobrina）,表明全新世以来骆驼墩遗址及其附近区域在马家浜文化出现之前的7500-5400BC之间曾经历过海侵事件;共发现植物化石9种450颗,鉴定结果共统计出4（科）属,即Polygonum s