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近年来，谷子生物技术发展迅速，特别是谷子SSR标记的开发、遗传图谱的构建、EST数据库建立、QTL定位等基础工作取得了较大的发展。即将完成的谷子基因组测序，也加速了谷子分子标记和功能基因组研究的进程，提升了研究水平。主要对谷子分子标记和功能基因组方面的研究进展进行了总结，提出谷子功能基因的标记定位与发掘，建立分子标记数据基础和高效外源基因转化平台的建立是未来谷子基因组研究的关键工作，并对谷子基因组的研究发展进行了展望。