粤港澳大湾区是"一带一路"建设中国家对粤港澳区域合作提出的新概念,其发展目的在于突破区域合作的发展瓶颈,更好地发挥粤港澳地区在"一带一路"建设中的功能与作用。本文以粤港澳合作历史为研究背景,首先探讨了当前构建粤港澳大湾区的四大基础特征。其次,结合区域制度与经济增长理论、经济整合理论、城市体系结构理论等三大理论的分析,剖析大湾区制度创新的理论依据。理论分析发现:(1)区域合作制度的创新能够提高湾区内生产要素配置的效率,从而带来经济效益的提升;(2)当前湾区功能性整合大体已经完成,区域整合的深化需要制度性整合的推进,即制度创新应成为区域深层次整合的重要途径;(3)网络型城市体系的建立对于打破等级化的城市发展观念、营造更密切的区域合作氛围具有重要意义。因此,基于提升区域整体竞争力、构建功能型城市网络的理念,本文从宏观、中观以及微观三个层面提出粤港澳大湾区制度创新的实施机制,包括:(1)突破将粤港澳合作划分为粤港合作与粤澳合作的发展模式,强化湾区的区域整体理念,从顶层设计入手构建大湾区的跨境协商管治机制;(2)充分发挥现有沟通机制与合作平台的作用,提高区域内制度性整合的效率;(3)促进多种形式的合作,尤其是企业间的项目合作,增加人员在湾区内的自由流动及执业可能。