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水莎草以地下茎越冬，３月下旬开始在麦田萌发。单季晚稻大田先是前茬所残留的水莎草植株萌发新苗，然后是地下茎陆续萌发初生苗，初生苗不断萌生次生苗，７月中旬至８月下旬为发苗旺期。８月下旬开始形成新地下茎，９月上旬为大量形成期。地下茎是主要繁器官，其繁殖力很强，但繁殖能力受到多种因素的影响，与水稻共生，繁殖量下降二分之一以上，地下茎萌发还需足够氧气，在稻田表层的萌发层，生长好，发苗多，在表土层下面的萌发迟