【摘 要】
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随着新一代测序技术的发展,传统的序列比对工具已无法满足测序产生的海量生物学数据分析处理的需求,研究如何利用最新的计算技术加速序列比对过程具有十分重要的意义。本文回
【机 构】
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军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所;
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随着新一代测序技术的发展,传统的序列比对工具已无法满足测序产生的海量生物学数据分析处理的需求,研究如何利用最新的计算技术加速序列比对过程具有十分重要的意义。本文回顾了常用的局部序列比对算法,介绍了基于并行计算原理的序列比对算法的加速优化策略和主要进展,详细说明了如何利用最新的图形处理器(GPU)计算技术实现高性能的BLAST(basic local alignment search tool)比对算法。最后,结合实际需求,提出和讨论了综合利用云计算和GPU计算实现高性能、高能效的序列比对平台的研究思路。
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