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赛都金矿位于阿尔泰山西段南缘克兰弧后盆地内，具有良好的成矿背景；玛尔卡库里断裂是金矿的控矿断裂，矿床的赋矿岩性为中泥盆统阿勒泰组海相杂砂岩建造；矿区内广泛发育一组低温热液蚀变，主要有绢云母化、绿泥石化、硅化、黄铁矿化、褐铁矿化及孔雀石化，围岩蚀变强度与构造变形强度成正消长关系；稳定同位素研究结果表明，金矿的成矿水源为大气水与岩浆水、变质水的混合水，硫主要源于地壳深部；相关地球化学数据表明，阿勒泰组上亚组地层为成矿的主要金质来源，该矿床属于受韧性剪切带控制的中低温热液型金矿。