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国库集中支付制度在执行过程中进行了一系列的变革和调整,制度体系日趋成熟,其对收支来源以财政资金为主、财务管理以预算管理为主的事业单位的作用尤为突出,促进了事业单位会计核算方式、财务管理水平和内控体系建设的发展。然而在实际执行过程中仍存在与事业单位会计核算方式冲突、支付过程电子化程度不高、支付监督机制有待完善等问题。文章对国库集中支付制度现存问题的形成原因及应对策略进行了初步探讨。