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大数据的应用带来了社会多方面的变革,同时也与诸多领域进行融合。特别是在审计领域的融合,为审计质量和效率的提升提供了可能性。近年来,我国投入大量资金进行高校协同创新建设,而相关专项资金的审计成为关注的重点问题。本文通过对大数据审计的特点、难点和高校协同创新专项资金管理情况进行分析,指出了高校协同创新专项资金内部审计中存在的问题,并据此提出了相应的解决对策。主要应当从审计理念和制度、绩效审计机制、信息化程度和人才方面进行完善。