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中耳胆脂瘤是机体防御慢性炎症反应引起的一系列的免疫应答反应，其重要的生物学特征是中耳腔内存在高度繁殖的角化鳞状上皮和周围骨质的吸收破坏，以及角质细胞凋亡，导致腔内角化碎屑的堆积、上皮细胞的迁移、增殖和分化。骨质破坏是后天性中耳胆脂瘤形成的重要的临床特征，它虽然不是肿瘤，却有着类似肿瘤的生物学特性。其破坏机制尚不清楚，主要学说有袋状内陷学说、上皮移行学说、鳞状上皮化生学说、基底细胞增殖学说等。近期对胆脂瘤的形成机制的研究已更深入，涉及到细胞因子对胆脂瘤形成过程的影响。