目的探究中西医外科治疗肛肠疾病临床疗效进行比较。方法将我院时间跨度在2013年9月~2014年9月的68例肛肠疾病患者作为本组研究的对象，结合患者意愿随机分为实验组与对照组，各34例；对照组患者单用西医方法进行治疗，观察组患者给予中西医结合方法进行治疗，进一步对比评估两组患者临床疗效及术后并发症发生情况。结果观察组治疗总有效率为94.12%，对照组治疗总有效率为61.76%，观察组治疗总有效率明显高于对照组，两组数据之间存在明显差异(<0.05)。观察组术后并发症发生率明显低于对照组(<0.05)。结论肛肠疾病患者采取中西医结合治疗效果明显优于单用西医方法治疗，中西医结合的优势是能够缓解患者术后疼痛，并降低术后并发症的发生，进一步为患者临床疗效的提升提供保障依据。