利用SSR标记研究甘蓝型油菜自育杂交种(陕西省杂交油菜研究中心培育的品种及杂交组合)与其他主栽品种的遗传多样性和遗传关系,为种质创新、材料选择和育种设计提供参考。47对引物在62份样品中检测到50个多态性位点,23份自育杂交种及39份其他主栽品种的遗传多样性为中度丰富,自育杂交种等位变异数、基因型数、观察杂合度、期望杂合度及多态性信息含量等值相对较低;69%的杂交品种杂合率大于40%;发现其他主栽品种对自育杂交种有补充等位变异的位点10个、含重要高频率等位变异的位点14个。遗传相似系数(GS)分析表明自育杂交种内部总体为中高度相似性(0.7<GS<0.8),其他主栽品种内部及两组之间为中度相似性(0.6<GS<0.7)。主坐标分析和遗传分化系数显示两组间有明显遗传分化。系统聚类在GS值0.66处将全部样品主要分为两类,自育杂交种、黄淮区及长江中游区品种总数96%在第一类,第二类主要为长江上游区和下游区品种。自育杂交种的遗传多样性相对较低,其与黄淮区和长江中游区品种遗传关系较近,与大部分长江上游区和下游区品种遗传关系较远;可利用遗传关系远的品种创制材料,用前述补充等位变异进行分子标记辅助选择,以高效拓宽现有育种资源的遗传基础。