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流域生态补偿的特殊性和我国目前的国情决定了流域生态补偿机制的建设与地方政府间合作有着极为密切的关系。我国现有的生态补偿试点主要采用上级政府主导推行的模式，流域上下游地方政府的互动合作较少。为进一步建设和完善流域生态补偿机制，由地方政府合作主导，上级政府监督、协调的联合模式是实现流域生态补偿的最佳途径，也是未来区域合作的发展趋势。同时，在地方政府合作方式方面，行政协议的应用有着十分光明的前景。