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结合四川省某河床式水电站的工程实例，通过建立包括主厂房和副厂房在内的厂房坝段整体三维有限元模型，研究了在主厂房和副厂房之间不同的连接形式下厂房整体结构的固有振动特性，并进行共振复核。采用反应谱分析方法对模型进行抗震分析，考察了主厂房和副厂房不同连接形式对厂房（尤其是副厂房）主要构件地震反应的影响规律，提出了合理的连接方案，为该河床式厂房的抗震设计提供科学依据。