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病原与宿主相互作用,是构成感染的基本因素,RNA-Seq技术的发展推动病原与宿主相互作用研究,已进入全方位系统分析整个转录组水平,能够从整体水平研究差异表达基因以及基因功能,揭示特定生物学过程以及病毒致病的分子机理。现主要介绍了RNA-Seq原理、技术特点及其在动物病毒感染研究中的应用,简略地分析了该技术的不足之处,并对其应用进行了展望。