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用RT-PCR技术扩增出IBVAH1-99株的S2基因cDNA，并将其克隆到pMD18-T载体中进行序列测定和分析。结果表明，该分离株S2基因全长共1881个核苷酸，编码625个氨基酸；与GenBank中登录的IBVS2基因核苷酸的同源性为72．5％～88．99，氨基酸的同源性为70．3%-88．0％；在895nt-900nt处插入了GCG ACT 6个碱基，在1441nt～1446nt处缺失了ATTACT6个碱基。